Morten Schuldt-Jensen studierte Chor- und Orchesterdirigieren sowie Gesang, Gesangspädagogik und Musikwissenschaft in Kopenhagen. Mit seinem 1984 gegründeten Sokkelund Sangkor, einem der wichtigsten semiprofessionellen Kammerchöre Europas, erhielt Schuldt-Jensen zahlreiche Auszeichnungen. Nach erfolgreicher Arbeit mit führenden Ensembles seines Heimatlandes Dänemark folgten vielfältige Engagements als Chor- und Orchesterdirigent in die europäischen Nachbarländer.
Von 1999 bis 2006 war Morten Schuldt-Jensen Chordirektor am Gewandhaus zu Leipzig. In dieser Funktion gründete er 2001 den international viel beachteten GewandhausKammerchor, der sich heute Immortal Bach Ensemble nennt. Im Jahr 2000 übernahm er die künstlerische Leitung des Leipziger Kammerorchesters, das unter seinem künstlerischen Credo ein neues Profil entwickelt hat.
Morten Schuldt-Jensens breit gefächertes Repertoire reicht von Alter Musik bis zur Moderne und schließt auch Jazz- und Popularmusik ein. Sicheres Stilempfinden und interpretatorische Vielseitigkeit kennzeichnen die Zusammenarbeit mit seinen Ensembles und sind durch etliche Aufnahmen (darunter mehrere Referenzaufnahmen) und Rundfunkübertragungen belegt.
Morten Schuldt-Jensen arbeitet mit Chören wie SWR Vokalensemble, RIAS-Kammerchor, MDR Rundfunkchor, NDR-Chor, DR Radiokammerkoret, DR Radiokoret und Gächinger Kantorei und namhaften deutschen und skandinavischen Orchestern, darunter Gewandhausorchester, Akademie für Alte Musik, Helsingborgs Symfoniorkester sowie mit allen renommierten dänischen Sinfonieorchestern. Daneben hat er als Choir Master mit Dirigenten wie Sir Simon Rattle, Sir Colin Davis, Sir John Elliot Gardiner, Herbert Blomstedt, Lothar Zagrosek und vielen anderen zusammengearbeitet.
Mit seinen Ensembles gastiert Morten Schuldt-Jensen regelmäßig in bekannten Konzerthäusern und bei den renommierten europäischen Musikfestivals sowie auf Tourneen durch Deutschland, Frankreich, Italien, Spanien, Japan und Skandinavien.
Ein weiterer wichtiger Tätigkeitsbereich Morten Schuldt-Jensens ist die pädagogische Arbeit: Er unterrichtete u.a. als Associate Professor am Königlich Dänischen Musikkonservatorium Kopenhagen, an der Kopenhagener Universität, an der Hochschule für Musik und Theater Felix Mendelssohn Bartholdy in Leipzig und folgte 2006 schließlich dem Ruf als Professor für Chor- und Orchesterdirigieren an die Staatliche Musikhochschule Freiburg.